GoPubMed: l’ontologia al servizio della ricerca

GoPubMed, ontology-based literature search, è un software creato da Andreas Doms e Michael Schroeder della Technische Universität di Dresda, per rendere la navigazione del database di PubMed più organica e articolata.

Il motore che regola il software, infatti, relaziona gli abstract ottenuti in risposta ad una ricerca effettuata in PubMed (attraverso l'interfaccia GoPubMed), con i termini del Gene Ontology, a hierarchical vocabulary for molecular biology covering cellular components, biological processes and molecular functions, così che sia possibile utilizzare l'albero della tassonomia per esplorare i risultati della query.

2 Risposte to “GoPubMed: l’ontologia al servizio della ricerca”

  1. Valeria Says:

    Cara Bonaria mi stupisci sempre più. Questa chicca mi sarà utilissima
    Grazie!
    Vale

  2. Dr. Liliana Barrio-Alvers, CTO Says:

    GoPubMed di Transinsight con caratteristiche di Social Networking per esperti biomedici

    Ora GoPubMed permette agli utenti di identificare esperti del campo biomedico navigando nella loro rete e aquisire importanti informazioni sui più recenti temi di ricerca.

    La ricerca biomedica ha luogo nelle reti di ricercatori. Siti web di reti sociali, come FaceBook, LinkedIn e Xing usano reti personali per stabilire contatti. Su questi siti comunque, le connessioni devono essere definite dagli utenti stessi. Per la prima volta GoPubmed estrae ora completamente e in maniera automatica reti di milioni di pubblicazioni relative alle scienze biomediche. Per ogni concetto selezionato nella conoscenza semantica di background, la ‘Hot-Topic-View’ di GoPubmed mostra la rete di collaborazione tra gli autori più importanti relativi ad un dato campo di ricerca. Reti di collaborazione possono ora essere visualizzate. GoPubMed permette anche di cercare in queste reti per possibili esperti o partners di collaborazione, una caratteristica che porta a risparmiare un sacco di tempo quando si cercano degli esperti appropriati. Questa caratteristica è importante soprattutto nel mondo scientifico specializzato, dove diventa sempre più vitale mettere a punto team temporanei di esperti altamente specializzati.

    ‘Alcuni nomi di autori, come S. Lee, J. Smith e C. Mueller appaiono piu’ di 20000 volte! Abbiamo risolto la difficolta’ tecnica di distinguere gli autori in singoli individui con la nostra tecnologia di ricerca semantica che, in qualche modo funziona come la rete del cervello”, dice il Prof. Schroeder, SCO e co-fondatore di transinsight. Se due articoli condividono lo stesso autore, GoPubmed valuta le loro simili proprieta’. Il sistema tiene in considerazione il fatto che l’autore di un articolo spesso pubblica circa gli stessi argomenti di ricerca, con gli stessi co-autori e negli stessi giornali. Gli argomenti di ricerca sono percio’ connessi ai concetti della rete semantica nel background. Piu’ concetti due articoli hanno in comune, piu’ corta e’ la distanza semantica nella rete e piu’ probabile e’ che gli articoli siano stati scritti dalla stessa persona. Questo approccio risulta essere molto accurato. Se il sistema sbaglia in qualche punto, l’errore puo’ essere corretto dall’utente. ‘GoPubMed e’ uno step essenziale nel facilitare la scoperta di informazione in reti complesse’, secondo il Prof. Dr. Michael Brand, direttore del Bioinnovation Center di Dresda. ‘L’approcio semantico e’ impareggiabile nel resto del mondo, e sono entusiasta che un tale sviluppo, che mi aspetterei venire dalla Standford University in California, oggi viene invece da Dresda’, dice Brand.

    Italian translation by Annalisa Marsico

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